事业单位改革的核心目标是增强其市场竞争力。合并农机局和农业局是否符合这一目标，需要综合考虑各个方面的因素。首先，两个部门在职能上有一定的重合，合并可以消除重复建设和浪费资源的问题，提高工作效率。其次，合并后的部门可以整合农业资源，打破部门之间的隔阂，形成统一的规划和政策，更好地为农业发展服务。此外，合并后的部门可以减少行政层级，提高工作效率，进一步推动农业现代化。
然而，事业单位合并也面临一些挑战。首先，合并过程中可能出现的人员安置和福利待遇问题是一个重要的考虑因素。农机局和农业局的合并可能导致部分人员的职位变动或者失业，需要合理安置，以避免不稳定因素对农业发展的影响。其次，合并后的部门需要建立新的管理体制和运行机制，需要一定的时间和资源来适应这种变化。此外，合并后的部门可能需要重新规划和调整工作重点，确保合并对农业发展的促进作用。