国三和国二农用发动机的最大差别在于排放标准。国二发动机属于旧的排放标准，其排放物质如PM（颗粒物），NOx（氮氧化物），HC（碳氢化合物）等的排放量较高。而国三发动机则符合更为严格的排放标准，其排放物质的含量大大降低。这意味着使用国三发动机的农机在工作过程中产生的污染物更少，对环境的影响更小。
国三农用发动机在技术性能方面也有显著提升。国三发动机采用了更先进的燃烧技术和控制系统，使得燃烧更加高效，燃料利用率更高。相比之下，国二发动机在燃烧过程中会产生更多的废气和热量损失，燃料利用率较低。 国三发动机的性能更优越，能够提供更强大的动力和更高的效率。
然而，是否国三发动机更经济需要综合考虑。国三发动机的购买成本通常更高，但其在使用过程中因为更高的燃料利用率和更少的排放物而节约燃料成本，并且更环保。另外，根据当地环保政策的要求，使用国三发动机的农机可能享受到一些税收优惠或补贴政策，这也会对经济性产生积极影响。