农用拖拉机自行脱档的一个常见原因是操作不当。操作者如果不熟悉拖拉机的使用方法或者没有正确操作，可能会导致拖拉机自行脱档。例如，操作者在换挡过程中没有按照正确的步骤进行操作，或者没有将离合器完全踩下，都有可能导致拖拉机自行脱档。
农用拖拉机自行脱档的原因还可能与机械故障有关。拖拉机的传动系统中存在着许多零部件，例如离合器、变速器等，如果其中任何一个零部件出现故障，都有可能导致拖拉机自行脱档。例如，离合器片磨损严重或者离合器调整不当，都会导致离合器失效，进而引起拖拉机自行脱档。
环境因素也可能是农用拖拉机自行脱档的原因之一。例如，如果拖拉机在行驶过程中遇到了特殊的路况，例如坡道、沙地或者泥泞道路，由于路面的不平坦或者阻力的增大，拖拉机可能会自行脱档。
操纵杆松动也是导致农用拖拉机自行脱档的原因之一。在正常情况下，操纵杆应该保持稳定，以确保拖拉机在工作过程中稳定地保持档位。如果操纵杆松动，将无法保持稳定的档位，从而导致拖拉机自行脱档。