农机部门可以采取罚款的方式对违章变型拖拉机进行处罚。罚款的数额一般根据违法行为的严重程度来确定，不同的违法行为会有不同的罚款标准。这种处罚方式主要是为了通过经济手段对违法者进行惩罚，起到警示作用。
农机部门可以采取暂扣驾驶证的方式对违章变型拖拉机的驾驶人进行处罚。这种处罚方式主要是针对那些严重违法行为的驾驶人，如驾驶拖拉机超速、闯红灯等。暂扣驾驶证可以有效地限制违法驾驶行为，强化对驾驶人的警示和约束。
此外，农机部门还可以采取吊销驾驶证的方式对严重违法行为的驾驶人进行处罚。吊销驾驶证是对驾驶人最为严厉的处罚措施，通常是在重复违法行为或者违法行为造成严重后果的情况下采取的。吊销驾驶证意味着驾驶人将被长期禁止驾驶机动车辆，以此来惩罚和阻止驾驶人继续违法行为。
农机部门还可以采取责令停产停业的方式对涉及违法变型拖拉机的农机企业进行处罚。责令停产停业是指暂时停止企业的生产经营活动，以达到制止违法行为的目的。这种处罚方式主要是针对那些严重违法行为的农机企业，以此来维护行业的规范和秩序。