在设计上，商品用剥壳机通常较大且较为复杂，因为它需要适应不同种类和尺寸的坚果、豆类和谷物。它通常由多个部件组成，包括进料装置、剥壳装置和出料装置。其中，进料装置用于将坚果、豆类和谷物送入剥壳机，剥壳装置用于去除外壳，而出料装置则用于收集剥壳后的产品。此外，商品用剥壳机通常还具备调节装置，可以根据不同的物料和加工需求进行调整。
相比之下，种子用剥壳机通常较小且较为简单。它通常只由一个剥壳装置组成，可以根据具体的种子类型进行调整。种子用剥壳机的操作较为简便，只需要将种子放入剥壳装置中，机器会自动去除种子外壳，并将剥壳后的种子收集起来。种子用剥壳机通常用于农作物的种植，可以提高种子的发芽率和生长质量。
此外，商品用剥壳机和种子用剥壳机在剥壳效果上也存在一些差异。商品用剥壳机通常可以实现高效剥壳，去除外壳后的产品完整且质量良好。而种子用剥壳机通常更加注重剥壳的轻柔性，以保护种子的完整性，避免对种子造成损伤。