农机行政处罚在适用法律上存在一定的难度。由于农机行政处罚涉及的法律较为复杂，涵盖了农业法、农机管理法以及其他相关法律法规，因此在具体操作过程中，需要相关部门对这些法律进行深入研究和理解，确保农机行政处罚的法律适用正确无误。
农机行政处罚的程序问题也是一个关键的法律问题。在实施农机行政处罚时，相关部门需要按照法定程序进行，包括对违法行为进行调查、取证、听证等环节，确保程序的合法性和公正性。此外，还需要依法研究和决定处罚的种类和程度，确保处罚与违法行为相对应。
农机行政处罚中的证据问题也需要注意。在实施农机行政处罚时，相关部门需要有充分的证据来支持处罚决定的合法性。因此，在收集、保管和使用证据时，需要遵守法律的规定，确保证据的真实性和合法性，避免因证据问题导致处罚决定的无效。
农机行政处罚需要同时考虑法律的严格性和灵活性。农机行政处罚旨在惩治违法行为，保护农机安全和农田生产秩序，但也要根据具体情况灵活运用法律，确保处罚决策的公平性和合理性。因此，在实施农机行政处罚时，相关部门需要根据不同的情况作出相应的决策，确保法律的严格性和灵活性的统一。