往复式切割器在工作过程中容易产生震动。切割机的刀片在高速运动时会与作物发生碰撞，导致机器产生震动。这种震动不仅会降低切割效果，还会对联合收割机的其他部件造成损坏。尤其是在不平坦的地形上工作时，震动更加明显，使得切割的效果更加不稳定。
往复式切割器的刀片易于磨损。由于切割机的刀片需要频繁与作物接触，刀片的磨损速度较快。一旦刀片磨损严重，切割效果会大大降低，甚至无法正常工作。此时需要更换刀片，增加了维护的成本和工作的停顿时间。
此外，往复式切割器在处理高秆作物时容易发生堵塞。高秆作物的茎干较粗硬，往复式切割器在切割这些作物时容易出现堵塞现象。一旦发生堵塞，不仅会影响联合收割机的工作效率，还会增加操作人员的工作负担，需要停机清理堵塞物。
往复式切割器的工作方式限制了其适用范围。由于刀片的往复运动特性，往复式切割器更适用于切割稻谷等较矮的作物，对于高秆作物的切割效果不佳。因此，在面对多种作物的联合收割时，往复式切割器的局限性就显得比较明显。