甲基二磺隆的除草机理与其他除草剂一样，主要是通过抑制植物的生长和发育来实现除草效果。它可以通过干扰植物的光合作用，阻断植物正常的能量合成和物质转运过程，导致植物无法维持正常的生长和发育。这一机理与一般的除草剂相似，都是通过对植物的生理过程进行干扰，从而达到除去杂草的目的。
然而，甲基二磺隆在除草机理上也有一些独特之处。首先，它对广谱杂草的除草效果较好。不同于其他一般的除草剂，甲基二磺隆可以有效地控制一些难以除去的顽固杂草，如红花草、蓼科植物等。其广谱性质使得甲基二磺隆在农田和园艺作物的除草中得到广泛应用。
另外，甲基二磺隆的除草机理也具有一定的选择性。虽然它对一些难除草物种具有较高的杀伤力，但对一些作物的伤害相对较小。这一选择性机理使得甲基二磺隆在农作物的除草中更为安全和可靠。