小麦茎基腐病主要侵染茎基部组织，最先侵染叶鞘部分，随着时间的推移，不断向内侵染，当小麦的茎秆导管组织导致坏死时，这株小麦就会枯死导致白穗。
小麦基腐病，一般病菌先侵染小麦茎秆基部出现褐色病斑，以后病斑逐渐扩大至整个节间，茎秆输导组织不能向上供应植株所需的养分，造成小麦叶片发黄，后期植株折倒、枯死。该病菌还能侵染小麦叶片，在叶片上出现褐色病斑，有的病斑轮纹状，与小麦纹枯病云纹斑症状很相似，后期会导致叶片发黄干枯。
小麦茎基腐病苗期就可感染，病菌最早通过衰败的芽鞘侵入地中茎，向上扩展到分蘖节；小麦返青后，病菌向上扩展，在茎基节间形成茶褐色病斑，麦苗生长缓慢，严重时开始死亡；小麦灌浆期造成茎基部分蘖节处枯死，上部茎叶和穗得不到水分而死亡，出现“枯白穗”，田间拨除时极易从基部折断。重病田成穗大幅度减少，比正常田少50%以上，且穗小籽少。小麦茎基腐病呈现逐年加重趋势，由零星病株，扩展为成片发病，再扩展为连片发病。
主要侵染茎基部组织最先染叶鞘部分，随着时间推移不断向内进来，最后导致整株小麦苦死了。
主要侵染茎基部组织最先感染叶鞘部位，随着时间的推移不断向内部延伸，最后导致整株小麦苦死。