小麦全蚀病菌是一种土壤寄居菌，主要以菌丝遗留在土壤中的病残体、未腐熟的粪肥或混有病残体的种子上越冬、越夏，成为后茬小麦的主要侵染源。引种混有病残体种子是无病区发病的主要原因。割麦收获区病根茬上的休眠菌丝体成为下茬主要初侵染源。在冬麦区，种子萌发不久，夏病菌菌丝体即可侵害种根，并在变黑的种根内越冬。翌春小麦返青时，菌丝体随温度升高加快生长，向上扩展至分蘖节和茎基部，拔节至抽穗期侵染至第1—2节，导致茎基受害腐解，病株陆续死亡。在春小麦区，种子萌发后，病残体上的越冬菌丝侵染幼根，逐渐向上扩展至分蘖节和茎基部，最终引起植株死亡。病株多在灌浆期出现白穗，遇干热风时加速死亡。
