1.品种原因：部分地区小麦品种连续种植多年，品种特性退化，抗病抗锈能力减弱。2.菌源原因：冬孢子、夏孢子在小麦田周围杂草或自生麦苗上越冬或越夏。3.栽培管理：一是土质黏重、地势低洼、排水不良的地块发病较重；二是偏施氮肥或氮肥施用过晚，以及栽植过密、田间荫蔽度大的田块易感病；三是植株生长柔嫩、成熟期延迟易受病菌侵染。4.温度：秆锈发病的适温度为18～25℃，叶锈为15～22℃，条锈为9～16℃。因此，在春季一般条锈病发病早，叶锈病次之，秆锈病迟。5.湿度：结露、下雨和降雾都有利于锈病发生。
种植感病品种面积大，是条锈病流行的基本条件。但条锈病是否流行还决定于菌源和气象因素，特别是雨量和湿度。条锈病菌在温度14-15℃（叶锈15-20℃）和有水滴和水膜的条件下侵染小麦。病菌在麦叶组织内生长，当有效积温在150-160℃时，便在叶面上产生夏孢子堆。在大面积种植感病品种前提下，菌量和降雨成为流行的两大重要条件。4-5月份如果雨水偏多，温度适宜，将有利于条锈病的发生与蔓延。如果早春有雨而后期干旱或早春干旱后期有雨，则条锈病发生轻，或局部不流行。春季持续干旱，即使大面积种植感病品种由于越冬菌源不能顺利侵染，条锈病也不易流行。
小麦锈病的发病的原因主要与品种、菌源、温度、湿度、栽培管理、苗株长势等密切相关。