小麦赤霉病防治可以选用耐病品种种植，如苏麦3号、苏麦2号等；也可以在播种前用增产菌剂拌种，晾干后再播种；还可以在扬花初期，每亩用25%氰烯菌酯悬浮剂100-200毫升，或者40%戊唑·咪鲜胺水乳剂20-25毫升进行喷雾防治，每隔7天交替用药1次。
若抽穗期遇到连阴雨，有流行可能时，喷药时间宁早勿晚，在10%小麦抽穗至扬花初期进行第一次喷药，间隔5-7天，进行第二次用药。喷药时要重点对准小麦穗部均匀喷雾，如遇喷药后下雨，则需雨后补喷。
选抗病品种，药剂拌种，科学管水，配方施肥，在破口至齐穗扬花期分别选择氰烯菌酯和氟环唑进行防治。
小麦赤霉病是小麦常发病害，田间病源广泛存在；气候趋势预测春3～4月平均气温偏高0.0～0.5℃，降雨量偏多1～2成；秋季的连阴雨推迟了小麦播期，小麦生育期推迟，抽穗扬花期与雨季高度期吻合，对赤霉病的发生侵染极其有利。