该病菌以冬孢子和夏孢子形态附在病株上越冬，形成初侵染源。孢子借助气流传播，侵入大葱发病，形成夏孢子。夏孢子形成再侵染源，向周围植株蔓延。大葱锈病发病规律：北方以冬孢子在病残体上越冬，南方以夏孢子在葱蒜韭菜等寄主上辗转为害，或在活体上越冬，翌年夏孢子随气流传播进行初侵染和再侵染。夏孢子萌发后从寄主表皮或气孔侵入，萌发适温9～18℃，高于24℃萌发率明显下降，潜育期10天左右。气温低的年份、肥料不足及生长不良发病重。温暖和温度略偏低而湿度高易于发病。
1、提高土壤肥力，多施磷钾肥，增强植株的抗病能力。2、对于发病重的田块，应提前收获，并避免在附近种植蔬菜-葱蒜类蔬菜。3、大棚栽培要注意保温除湿，控制发病条件。4、雨后及时排水，降低田间湿度。5、大葱锈病防治药剂。在大蒜锈病发病初期应及时喷25%菌通散乳油800倍液，或用12.5%禾果利(烯唑醇)可湿性粉剂1500倍液，或50％萎锈灵乳油800～1000倍液，65%代森锰锌可湿性粉剂400～500倍液喷雾，每隔10天喷药1次，连续喷2～3次。
病菌以冬孢子和夏孢子形态附在病株上越冬，形成初侵染源。加强肥水管理。