纹枯病在小麦各生育期均可发生，防治的关键时期是返青拔节期，一般在2月下旬施药，若后续多为阴雨天气，则是纹枯病扩展的重要时期，如果不防治，病菌会侵入小麦基部给茎节造成危害，如果上一年麦田白穗较多，就需要防治小麦纹枯病2次以上，一般第一次在病株率达20%-30%时施药，待7-10天后再次施一次药。
目前气温开始回升，是小麦纹枯病感染高峰期，也是防治纹枯病的最佳时期。小麦纹枯病发生初期主要危害麦苗基部，很难被发现，症状表现也不明显，纹枯病症状凸显期一般到到小麦孕穗期，这时再采取防治几乎没有任何效果，所以要抓好关键时期及时做好预防，如果错过最佳防治时机会造成较大损失。