马铃薯贮藏期发生块茎腐烂，除生育期所染各种块茎病害在贮藏期发生软腐外，尚有几种贮藏期的病害：1、干腐病：马铃薯块茎变色下陷之病斑，逐渐扩大并干缩使薯皮形成同心圈状折叠，并生出白色、蓝色或粉红色的病菌孢子堆。同时，薯肉变为褐色、粒状、干燥，并有充满着菌丝的空隙。2、湿腐病：由软腐病细菌以及弱寄生芽孢杆菌等侵染引起，使块茎发生臭味。3、生理性黑心病。块茎外表正常而薯肉内部变为褐色或黑色。
存储的关键点(1)老窖的消毒(2)严格选择马铃薯(3)控制堆积高度(4)温度和湿度的控制(5)通风与通风6)覆盖和湿润:
薯块初入窖时，进入愈伤期，应维持10～15℃较高温度及80％～90％的相对湿度。初期由于薯块呼吸作用旺盛，放出大量水汽，易促使薯块腐烂，必须注意通风，防止薯堆发热。这个过程是重中之重。气温显著下降时，要注意防冻。窖温要经常保持1～2℃。0℃以下容易受冻，5℃以上容易发芽。若窖温超过2℃，应适当通风。冬季尽量避免入窖取薯。取薯时应避免冷空气大量进入，冻坏薯坯。（取马铃薯时，最好在窖门口挂上厚棉帘）。
冬储马铃薯要防冻防风哨，防潮防高温生芽子。
注意预防干腐病、湿腐病及生理性黑心病等病害。