小麦赤霉病为花期侵染，生产中一般采用见花就打的原则。
防治小麦赤霉病，掌握见花就打的原则，田间有小麦扬花初期就可以用药防治，用药时间便于掌握，而且防治效果好。适用于防治小麦赤霉病的药有氰烯菌酯、多菌灵、甲基硫菌灵、咪鲜胺.戊唑醇、烯肟菌酯等喷雾防治，一个星期以后在防治一次。小麦赤霉病防治要晴天见花打；阴天见穗打；雨天抢前打。
小麦赤霉病的防治选择，主要是防，要判断准确，把握时机，选准药剂，喷准位置，加强防控。把握重点，保证一喷多效。
防治关键在于抓住时机+足量用药+足量用水+二次用药。防治时机为抽穗至扬花初期、降雨前6-24小时+5-7天后再次防治，其次为雨停后24小时内最晚36小时或雨间歇期间喷药+5-7天后二次用药。