小麦受纹枯菌侵染后，各生育阶段分别表现烂芽、病苗枯死、花秆烂茎、枯株白穗等症状。
其病状主要出现在叶鞘上，产生黄褐色椭圆形或棱形病斑，以后病部逐渐扩大，着色变深，病斑呈云纹状，并向内发展为害茎部，重者常早期死亡，小麦后期出现枯株白穗。
发病初期，植株中下部叶片叶脉间或叶缘萎黄上卷，逐渐向上发展，使半边枝叶变黄枯死，果实僵化不长，因此，又叫半边疯。严重时全株枯死，叶片脱落，变成光杆。剥开根、茎皮层，可见维管束变成褐色，所以也叫黑心病.。
暖冬年早播麦受害，在出苗后几天内便可造成黄苗、死苗。拔节后病株率明显上升；小麦孕穗抽穗期病情迅速发展，扬花灌浆期病株率达到高峰，病斑扩大，相互连成典型的花杆症状，烂茎，致使主茎和大分蘖常不能抽穗，形成“枯孕穗”，有的抽穗后成为枯白穗、结实少、籽粒秕瘦。