药剂可选用5%井冈霉素水剂每亩0.2千克对水50千克，或选用：丙环唑、烯唑醇、己唑醇等并根据发病程度和天气情况，连喷2～3次。晚稻生育期短，纹枯病从始发到爆发相距时间一般在半月左右。因此，宜用药2次，一般在拔节孕穗期用药1次，隔7天后再用药1次。鉴于纹枯病都是从病株下部向上延伸，喷药应着重喷在稻株的中下部，才能收到良好的效果。
药剂防治方法①5%井岗霉素可湿性粉剂每亩150克，兑水75公斤，于发病初期喷雾，每5～7天1次，连续防治2～3次。井岗霉素与多菌灵混用有一定的增效作用。②稻丰灵每亩200～250毫升、加水30公斤喷雾。③20%稻脚青可湿性粉剂，每亩用75克，兑水75～100公斤喷雾，或每亩用125～150克，拌细潮土25公斤撒施。④25%禾穗宁可湿性粉剂，每亩50～70克，兑水15公斤，用0.7毫米小孔径喷雾片细雾喷洒。
市场上防治纹枯病的杀菌农药很多，像己唑醇、井冈·己唑醇、井冈·蜡芽菌、戊唑醇等对水稻纹枯病的防治效果都很突出。在水稻分蘖盛期即水稻封行前（纹枯病暂未发病或发病初期），每亩用10%己唑醇40毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水20—30公斤，或在水稻分蘖末期即水稻封行后（纹枯病进入快速扩展期），每亩用10%己唑醇55毫升+营养叶面肥粒粒宝30毫升对水30—40公斤趁早晨露水未干时粗雾喷于水稻下部，可有效预防、控制水稻纹枯病的发生。