病虫害、栽培技术、种植环境等都会造成沙糖桔畸形花。
砂糖橘畸形花多现于花多的弱树，花芽分化水平差是主要原因，可能有人不理解弱树为什么花多？这是因为梢弱时，营养生长也会跟着减弱，养分回流也较少，易于达到成花条件。由于树势失衡，会造成树体生殖生长较强，导致大量芽分化成花芽，但又受限于营养水平不足，所以来年的弱花、畸形花很多。除去花芽分化不良，花期营养不足，如缺氮、磷、硼、锌、铜等会影响花器的生长，加重畸形花的发生。此外，花期如遇不良的气候条件，如气温过高超过25℃，会导致雄蕊提前完成分化、花瓣短小，柱头外露；花期连阴天多，光合效能低，也会加重不完全花的比例。