小麦赤霉病主要引起苗枯、穗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，从幼苗到抽穗都可受害。其中影响最严重的是穗腐。苗腐是由种子带菌或土壤中病残体侵染所致。先是芽变褐，然后根冠随之腐烂，轻者病苗黄瘦，重者死亡，枯死苗湿度大时产生粉红色霉状物（病菌分生孢子和子座）。
小麦自苗期至穗期都可受赤霉病的危害，引起麦苗枯死、麦株茎基部腐烂或麦穗干腐等症状，其中以麦穗干腐危害最大。苗枯死症状表现为根冠或芽鞘变褐腐烂，病苗变得又黄又弱，最后枯萎死亡，又称为“苗腐”。基腐症状主要发生在小麦成株期的茎期部，受害轻的茎基部变褐软腐，受害重的茎基部腐烂变软，会使植株枯萎死亡，其病茎断口处带有粘性。穗腐症状主要在小麦开花后发生，初期在小穗和颖壳上出现水溃或淡褐色病斑，然后逐渐蔓延到整个小穗，呈桔黄色。一般每穗有一个或几个小穗发病，当病斑扩展到穗轴或穗颈时，部分小穗便变黄枯死。在潮湿条件下，后期病穗上可产生紫黑色小颗粒，即为病菌的子囊冗。