水稻催芽要选择破胸的种子，用50-60℃的温水浸种3-5分钟，再入窖并保持38-40℃的温度，使种子在高温下破胸，再淋水降温，使种子温度保持在25-30℃适温下发芽，种堆保持湿润，保持供氧。
一般要求3天内能催好芽，发芽率达90％以上。芽谷的根芽要整齐一致、幼芽粗壮，根芽比例适当（芽相当于半粒谷长，根相当于一粒谷长），颜色鲜白。催芽过程中应注意防止高温烧芽，发芽最低温度为10～12℃，最适温度为30～32℃，最高为40℃。长时间超过42℃，会抑制胚芽和胚根生长，致使原生质停止活动，根和芽死亡。
水温30度左右淋种包裹保12小时后散开降温，这样反复催芽。