一、增施微生物菌肥。二、种子包衣，可以用顶苗新或腾收。
1、应用药剂拌种防治该病害效果明显，是一项行之有效的防治措施，值得推广应用。用种子重量0.3%的35%甲霜灵可湿性粉剂，或0.3%的72%克露可湿性粉剂，或0.3%的69%安克·锰锌可湿性粉剂拌种。2、在发病初期喷或浇灌25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液，或58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂600倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂900倍液，于田间发病初期喷。
加强田间管理，增加通透性，可用甲霜噁霉灵+福镁霜防治。
大豆根腐病防治方法。1、与玉米、谷子、花生等非寄主作物轮作，播种时增施钾肥、磷肥、农家肥等。2、大豆播种前先用种子重量0.3%的50%拌种双拌种。3、干旱时，及时浇水、中耕、除草等可提高大豆的抗病能力，减少损失。4、在大豆发病前或发病初期喷施药剂防治，药剂可用75%百菌清可湿性粉剂600～700倍液，隔7天喷1次，连续1~2次。
使用25％甲霜灵可湿性粉剂防治大豆疫霉根腐病。