有青霉、曲霉、木霉、根霉、链孢霉引起的霉菌病。虫害的话主要有菇蚊、马陆（千足虫）、蛞蝓（鼻涕虫）、螨类等。
木耳种植过程中常见的病虫害不少，有青霉、曲霉、木霉、根霉、链孢霉引起的霉菌病。第一，平时搞好木耳种植场所的卫生，做好消毒清理工作。越冬虫害是侵袭木耳的主要虫害之一，所以能够消灭掉这一批地底下的虫害话对后续的杀虫工作就有很大的帮助。废料和污染袋的话要及时处理好，然后将四周的垃圾和木耳棚内的垃圾清理干净后再撒上一层生石灰消毒。第二，为了防止成虫进入木耳房内，要在发菌室内装上纱窗，也可以隔一段时间在纱窗上面喷洒专业的杀虫剂防虫。第三，可以利用引诱的方式将成虫引诱进入菌房中，再用灯光将其聚集在一起用药剂捕杀。
木耳病虫害有软体呙牛，螨类，霉菌，杂菌等。
主要有卢西蟒和菇蝇。在制种前彻底消灭虫源。