黑木耳的病害主要表现为杂菌的侵染，主要是木霉，其次是青霉、曲霉、链孢霉、根霉和毛霉等。主要害虫有伪步行虫、线虫、蚂蚁、蓟马等。
木耳种植过程中常见的病虫害有：青霉、曲霉、木霉、根霉、链孢霉引起的霉菌病。
