化学防治:重在于防，前期使用80%代森锰锌、50%福美双、50%甲硫？福美双等药剂600-800倍液进行喷雾，5-7天一次，连喷3次，对棉花黄萎病有很好的预防效果。
棉花枯萎病可以用代森猛锌多菌灵来防治效果非常好。
用杀菌农药30%恶霜嘧铜菌酯800倍液、12.5%治萎灵液剂200～250倍液，30%甲霜恶霉灵600倍液于发病初期、盛期各灌1次，每株灌对好的药液50～100ml，防效80%～90%。
黄萎病发病时应尽快用0.36%苦参碱液剂1000倍液进行喷雾、灌根。2天内就能看到病情到控制，3天即可以恢复正常生长。