1、症状不同：成株期黄萎病叶脉间有枯斑；枯萎病顶端皱缩，浓绿，节间缩短。2、发病生育期不同：黄萎病棉花苗期不发病；枯萎病棉花整个生育期均可发病。3、维管束颜色不同：黄萎病剖开病茎，木质部导管变黑褐色，变色部分分散、不集中；枯萎病剖开茎杆，维管束变黑褐色腐烂。
枯萎病植顶部萎蔫青绿，黄萎病是叶片叶肉变黄叶脉青绿。
棉花枯萎病在整个生育期均可发病，而棉花黄萎病苗期一般不发病。
发病时间不一样，黄萎病棉花苗期不会发病，枯萎病在棉花整个生育期均可发生。
两种病害都要求较高温度。枯萎病为20℃，黄萎病为25℃。所以枯萎病在田间出现病害症状及发病高峰要比黄萎病早。