在孕穂期喷施一次药如富士1号等防治水稻穂颈瘟的药物。在水稻开花期再喷一次。
药物防治和栽培技术防治。加大通风，降低湿度，减氮稳磷增施钾。
可以用枯草芽孢杆菌在水稻出穗始期喷雾预防，隔7天再盆一次。
对水稻穗颈瘟要采取综合措施加防治。一要选用适合当地栽培的抗病稻瘟病品种；二要合理施肥，增施有机肥、磷钾肥；三要注意合理灌溉，做到薄水插田，深水回青，浅水分蘖，够苗晒田，孕穗、抽穗至黄熟期湿润灌溉的排灌方式，避免深水漫灌；四要做好药剂防治。
水稻穗茎瘟可施两次药，第一次用春雷三环唑于破口时喷施，第二次用富士一号于齐穗时喷施。