1、采收时及收获后彻底清除病果及病残体，集中烧毁、深埋，减少初侵染源。2、与非茄科作物实行2年以上轮作。3、发病初期喷洒75%百菌清可湿性粉剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500~600倍液、36%甲基硫菌灵悬浮剂500倍液、1:1:200波尔多液等，喷雾时适当加入嘉美金点，可以提高防病效果。隔7~10天一次，连续防治2~3次。
番茄灰斑病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先及时清除病果及病残体，集中烧毁、深埋，减少初侵染源。与非茄科作物实行2年以上轮作。再结合化学药剂进行防治。
品种抗病性不佳，菜农就要做好提前预防，要随时关注天气预报，一旦遇到阴雨天气，要注意提前用药，提早防治。预防时菜农可以选择哈茨木霉菌300-500倍喷雾，持效期更长，药效更好。
预防措施：种子种苗消毒，土壤消毒；起垄栽培；剔除脚叶。治理措施：拔除病株，喷药防治。
在发病初期开始喷药，每隔7～10天1次，连续喷药2～3次；重病区视田间病情发展，必要时还要增加喷药次数。药剂可选用80%山德生可湿性粉剂600～800倍液（亩用药量100～125克），75%百菌清可湿性粉剂600倍液（亩用药量125克），50%托布津可湿性粉剂800倍液（亩用药量100克），50%多菌灵可湿性粉剂800倍液（亩用药量100克），64%杀毒矾可湿性粉剂800倍液（亩用药量100克）等。
西红柿进入膨果期后，根据棚室土壤墒情，及时追肥浇水，并配合使用光合营养膜肥，可助力吸收大量光肥、光能、光照、兼容常规肥料、养料供给植物生长发育至极限。浇水保证不过干过湿，不大水大肥。
选用抗病虫品种，轮作倒茬，采用育苗南瓜稼接，适时播种，合理密植、配方施肥、及时除草，病虫害以预防为主，加强田间的通风透气，高温季节降低田间温湿度，发生期进行药剂防控。
农业防治：及时清除病果及病残体，集中烧毁、深埋，减少初侵染源。与非茄科作物实行2年以上轮作。[1]。化学防治：发病初期开始喷药，每亩每次用50％乙烯菌核利干悬浮剂（农利灵）75-100克，加水100千克稀释成1000-1300倍液，进行茎叶喷雾，每间隔7-10天喷一次药，共喷药3-4次。常用药还有75％百菌清可湿性粉剂500倍液，50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，50％多菌灵可湿性粉剂500-600倍液，36％甲基硫菌灵悬浮剂500倍液。每隔7-10天防治1次，连续防治2-3次。