防治番茄青枯病，效果较好的办法是使用药剂灌根，如用DT加新植霉素或农用链霉素加生根剂。在使用药剂灌根时，对没发病的番茄可使用上述药剂进行保护性喷雾。已经发病死亡的番茄植株，不能弃置在棚里，应拿到棚外深埋，同时对土壤进行消毒。青枯病可以通过流水传播，大水漫灌可使青枯病迅速传播蔓延，因此，有死棵症状发生的大棚要严禁大水漫灌。同时，适当喷施一些植物生长调节剂或叶面肥，可以有效促进番茄植株恢复生长，如丰收一号、云大120、爱多收等。
轮作倒茬，降低湿度，培育壮苗，喷杀菌剂防治。
药剂防治田间发病初期，进行药剂喷淋或浇灌根部。常用的药剂有：50%氯溴异氰尿酸可溶性粉剂1200倍液，或25％琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液，或77％氢氧化铜可湿性粉剂800倍液，或47％春雷·王铜可湿性粉剂1000倍液，或3％中生菌素可溶性粉剂600倍液，或新植霉素4000倍液，或10％苯醚甲环唑水分散粒剂2000倍液，或25％青枯灵可湿性粉剂800倍液，或20％噻菌铜悬浮剂400倍液，或12％松脂酸铜乳油500倍液，或25％络氨铜水剂500倍液等。每株浇灌配制好的药液300～500毫升。每7～10天1次，连续交替轮换用药3～4次。