枯萎病早期主要表现在距地面较近的叶片上。初期叶片发黄，继变褐色、干枯，但枯叶不脱落，仍连在茎上。这种枯黄的叶片有时仅出现在茎的一边，另一边茎上的叶片仍正常，或在一片叶上一边发黄，另一边正常。病叶的出现是由下向上发展，除了顶端数叶片外，后期整株中叶片均枯死，靠近地面的茎、叶柄和果梗等的维管束均呈褐色。天气潮湿时茎基部常产生粉红色霉。病株从开始出现病状直至全株枯萎，约需半个月至一个月。病株枯死的快慢，随气候。环境条件的不同而有差异。春番茄感染枯萎病后，随气温升高而逐步加剧。秋番茄在苗期染病后，由于气温逐渐下降，病情趋向缓和，但是病株显著矮化，结果较少，对产量也有不同程度的影响。
该病主要危害根茎部，主要表现为成株期。成株期发病初始，叶片在中午萎蔫下垂，并有下而上变黄，而后变褐萎垂，早晚又恢复正常，叶色变淡，似缺水状，病情由下向上发展，反复数天后，逐渐遍及整株叶片萎蔫下垂，叶片不再复原，最后全株枯死。横剖病茎，病部维管束呈褐色。湿度高时，死株的茎基部常布粉红色霉层，既病菌的分生孢子梗和分生孢子。