该菌在桧柏上越冬，翌年3―4月产生米粒大小红褐色冬孢子堆，遇雨后膨胀而形成一团褐色胶状物体，上面的冬孢子萌发产生担孢子，担孢子借风进行传播，对宣木瓜产生侵染。宣木瓜病斑上产生的锈孢子器，其锈孢子随风重新飘落到桧柏上，侵入后在桧柏上越冬。
木瓜锈病病菌一般在受害果树或果园周边植物上越冬、越夏，在气温达到17—20℃时借风飞至木瓜叶或幼果上入侵，病菌可以借水从表皮直接侵入发病。
木瓜锈病发生的轻重与转主寄主、气候条件、品种抗性等密切相关。一般患病圆柏越多，木瓜锈病发生越重；病原菌只侵染幼嫩组织，当木瓜幼叶初展时，如遇天气多雨，温度又适合冬孢子萌发，风向和风力均有利于担孢子的传播，则发病重，反之则发病轻微。