棉花枯萎病全生长期均见发生，黄萎病在棉现蕾后才见发病。棉花枯萎病病株节间缩短，植株矮小，顶端枯死或局部侧枝枯死，叶片出现黄色网纹和局部枯焦，雨季病部出现红色霉层。黄萎病一般不矮化，叶脉不变色，叶肉褪色使整叶呈西瓜皮状，叶缘枯焦，落叶型菌系可造成落叶光秆，一般下部先出现症状，向上发展，雨季病部出现白色霉层。
棉枯萎病和黄萎病可在同一田块或同一植株混合发生，二者的区别有如下6点：1、枯萎病在苗期可严重发生，蕾期是发病盛期，而黄萎病在蕾期才开始发生；2、枯萎病常自顶端向下发展，而黄萎病则是从下部先发病，再向上扩展；3、是枯萎病可表现矮缩，叶片变小变厚、皱缩，黄萎病则无这些变化；4、枯萎病叶脉可变黄而呈现为网纹状，黄萎病叶脉为绿色，主脉间叶肉变成黄斑块状；5、枯萎病早期便可落叶形成光秆，而黄萎病落叶少，又多在后期；6、病株的根、茎和叶柄剖开后，枯萎病株的导管为深褐色，黄萎病株的导管为浅褐色。