枯萎病菌主要在种子、病残体或土壤及粪肥中越冬。带菌种子及带菌种肥的调运成为新病区主要初侵染源，有病棉田中耕、浇水、农事操作是近距离传播的主要途径。其中棉花种子内部和外部均可携带枯萎病菌，主要是短绒带菌，硫酸脱绒后，带菌率迅速下降，一般不到0.1%，但对病区扩展仍起重要作用。
枯萎病菌主要在种子、病残体或土壤及粪肥中越冬。带菌种子及带菌种肥的调运成为新病区主要初侵染源，有病棉田中耕、浇水、农事操作是近距离传播的主要途径。
初侵染病菌主要通过病株残体、病株的种子以及粪便进行越冬，等来年进行播种或施肥进行传播，还会随着雨水、气流、风侵染病株周围的植株。
土壤、流水、粪肥、种子、病残体、尘旋风等，都会是传播途径。
枯萎病菌主要在种子、病残体或土壤及粪肥中越冬。带菌种子及带菌种肥的调运成为新病区主要初侵染源，有病棉田中耕、浇水、农事操作是近距离传播的主要途径。其中棉花种子内部和外部均可携带枯萎病菌，主要是短绒带菌，硫酸脱绒后，带菌率迅速下降，一般不到0.1%，但对病区扩展仍起重要作用。[3]田间病株的枝叶残屑遇有湿度大的条件长出孢子借气流或风雨传播，侵染四周的健株。