苹果病毒病是全株性的系统侵染病害，一旦侵染，终生带毒，潜伏期长，危害持久。如果土肥管理不当，造成土壤酸化、板结、养分吸收利用差，各种营养元素不平衡。或者挂果过多，树体负载量过重，对树体营养补充不足而造成树体营养亏空，树势衰弱，抗逆能力差，这种情况下病毒病就会表现出来。所以苹果病毒病的防治要以培养树势、以生物拮抗提高树体免疫和抵抗病毒能力为基础，尽早防治、持续防治的原则，才会减轻病情，降低危害。
对病株及病株周围的果树在萌芽期5天左右、花露红期、谢花后7-10天、夏至后至秋分前(这个时期是形成明年所有花芽和叶芽的关键时期)4个时期，分别使用病毒Ⅱ号300~450倍液稀释，同时每桶水添加纯牛奶1包，进行喷雾,可有效预防和控制苹果病毒病。病情严重的果树，可在萌芽时期进行病毒Ⅱ号450倍液灌根，主要灌毛细根区，每株浇灌药液50~60斤水左右。
苹果病毒病发生要对植株增施有机肥，主杆周围施入草木灰50斤左右，在萌芽前开始到生长季连续用氨基寡糖素枯草芽孢杆菌叶面喷雾可有效减轻病害发生。