用40%纹枯利可湿性粉剂800～1200倍液或50%速克灵可湿性粉剂2000倍液，于菌核病发病初期叶面喷雾，隔7天补喷1次。在该致病真菌子囊盘萌发盛期，可用40%菌核净可湿性粉剂1000倍液喷雾。
菌核病，可以在发病初期用腐霉利，异菌脲，啶酰菌胺，菌核净等防治。同时注意降低田间湿度。
1）加强长期和短期测报以正确估计本年度发病程度，并据此确定合理种植结构。（2）实行与非寄主作物三年以上的轮作。菌核在非寄主轮作的生长季也可以萌发，无效侵染而死。（3）选用优良品种在无病田留种，选用无病种子播种，或选用株型紧凑、尖叶或叶片上举、通风透光性能好的耐病品种。如合丰26、黑河7号、九丰3号、内豆1号等。种子在播种前要过筛，清除混在种子中的菌核。
药剂防治：在发病初期可喷施50%速克灵或40%菌核净可湿性粉剂1000倍液，也可喷施50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，用药液量600kg/hm2，可降低发病率。
应采取以消灭初侵染源为主的综合防治措施防治方法:①避免大豆连作或与向日葵油菜轮作或邻作与禾本科作物轮作一年以上有明显效果②病田收获后应深翻，将表土层的菌核翻入土中;及时清除或烧毁残茎以减少菌源大豆封垄前及时中耕培土，防止菌核萌芽出土或形成子囊盘注意排淤治涝，平整土地，防止积水和水流传播③汰除种子中混杂的菌核④菌核萌发出土后至子囊盘形成盛期，于土表喷洒50%速克灵可湿性粉剂，每亩约30~60克，加水40~50千克喷雾用50%多菌灵可湿性粉剂每亩100克或30%菌核利可湿性粉剂50克/亩，加水50千克也有良好效果，但在发病后喷洒植株表面效果较差。
发生菌核病，在发病初期用咪酰胺，腐霉利，异菌脲，菌核净等药剂防治。