主要危害叶片和花梗上形成的椭圆及隆起的小疮疱，中部会呈现出桔色，周围为黄白色，有光泽。随后病害逐步蔓延，周围表皮会翻起，散出铁锈色的粉末。随着病害的蔓延，与病斑相邻都会出现长椭圆形的斑点。斑点会渐渐的纵向破裂，散出紫褐色的粉末。
大葱锈病症状是：大葱锈病主要为害叶片，初呈椭圆形黄色稍隆起的疱斑，后期病斑表皮破裂，散出橙黄色粉，即病菌的夏孢子堆或夏孢子，秋后疱斑变为黑褐色，表皮破裂后散出暗褐色粉，即为病菌的冬孢子堆和冬孢子。
症状主要危害叶片。初期表皮上产生椭圆形稍隆起的橙黄色疱斑，后表皮破裂向外翻，散出橙黄色粉末，秋后疱斑变为黑褐色，破裂时散出暗褐色粉末。