从无病留种株上采收种子、引进商品种子在播前进行种子包衣处理、实行轮作、加强栽培管理、收获后及时清除病株残体。发病初期还可以使用药剂进行防治，用药间隔期7-10天，连续防治2-3次。
发生大面积情况农药防治最好利用多菌灵甲基托布津甲维盐防治最好。
发病初及时使用咪鲜胺，苯醚甲环唑，氟硅唑等药剂进行防治。
一农业防治。一是实行3年以上轮作。二是合理密植浇水适宜防止大水漫灌。施足有机肥追施复合肥使菠菜生长良好。加强通风降低湿度。及时把病残体清除干净减少病菌在田间传播。三是从无病地或无病株上采种。播前将种子用52℃的水浸20分钟后捞出再放入冷水中冷却晾干后播种。二药剂防治。发病初期用80%的炭疽福美可湿性粉剂600-800倍液或。40%的多丰农可湿性粉剂400-500倍液或50%的拌种双可湿性粉。剂400-500倍液或2%的农抗120水剂200倍液每隔6-7天喷1次,连喷2-3次。也可用8%的克炭灵粉尘剂，防治时不加水，每亩次喷1公斤，隔7天喷1次，连喷2-3次。
50%硫菌灵可湿性粉剂（托布津）800-1000倍液（每亩用量100-125克）等喷雾。
炭疽病毒属细菌性病害，早期用甲基托不津兑水预防为主。
防治的方法:1、轮作。2、合理密植，浇水适宜，防止大水漫灌；施足有机肥，追施复合肥料，使菠菜生长良好；加强通风，降低湿度；及时把病残体清除干净，减少病菌在田间传播。3、选用无病种子。从无病地或无病株上采种，种子用52摄氏度温水浸20分钟后涝出，立即放入冷水中冷却，晾干后播种。4、药剂防治，一般卖种子的地方都有。