防治辣辣病虫害，要选种抗病品种，做好种子消毒处理，培育无病虫害的壮苗，合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，根据病虫害发生种类和严重程度，有针对性地采取相应措施、选用对症的高效低毒低残留农药田间交替喷雾防治。
辣椒病害同多数蔬菜病害发生原因相似，主要防治措施如下：1选择抗病品种，培育壮苗2增施有机肥，改良土壤；选择无病源的土壤栽培辣椒，关键是避免重茬；3平衡施肥，合理浇水，培育健株4保护地栽培应尽量降低棚内空气湿度；露地栽培应注意合理密植，保持田间通风透光；4定期喷洒防病药剂，及早预防病害。
辣椒的病虫害主要有病毒病、疫病、灰霉病、炭疽病、立枯病、菌核病、朱砂螨、白粉虱、蚜虫、烟青虫和地下虫蝼蛄，蛴螬等。防治原则:应坚持预防为主，综合防治的方针，应以农业防治、物理防治、生物防治为主，化学防治为辅。
病毒病会导致辣椒植株矮化、叶片出现斑点，可使用千红、特福力进行喷雾防治、疫病对植株形成危害，可使用百泰或施得益等药剂进行喷雾防治。
选种抗病高产优质品种、合理轮作倒茬、做好种子消毒处理、平衡施肥、加强田间管理。初发生时选用对症的低毒低残留农药田间喷雾防治。
立枯病：加强苗床管理、施用腐熟有机肥，增施磷钾肥，注意大棚合理通风。白斑病：喷洒植宝素7500倍液或多效好4000倍液，增强寄主抗病力。黄萎病：选育抗病品种，实行轮作。炭疽病：果实采收后，清洁田园。疫病：代森锰锌对水均匀喷雾，视病情隔5～7天喷1次。白绢病：发病初期用甲基立枯磷喷雾或灌根防治。
灰霉病是保护地栽培中辣椒育苗及生产上发生普遍、为害较大的一种病害。甜椒，辣椒幼苗、叶、茎、枝、花器均可染灰霉病。幼苗染病，子叶先端变黄，后扩展到幼茎，致茎缢缩变细，由病部折断而枯死。叶片发病，由叶缘向内呈V字形扩展，病斑初呈水渍状，边缘不规则，后呈茶褐色，成株染病，茎上初生水渍状不规则斑，后变灰白色或褐色，病斑绕茎1周，其上端枝叶萎蔫枯死，病部表面生灰白色霉状物。结果期发病以门椒和对椒为多，在幼果顶部或蒂部形成褐色水渍状病斑。病部凹陷腐烂，暗褐色，表面生有灰色霉层。露地栽培成株期为害较小。此病为半知菌类灰葡萄孢属真菌侵染而引起的流行性病害。
辣椒的病害主要有猝倒病、疫病、炭疽病、病毒病、灰霉病、疮痂病、青枯病等；辣椒的生理性病害主要有日烧病、脐腐病及生理性三落病等；辣椒的主要虫害有烟青虫、白粉虱、茶黄螨、茄无网蚜等。
辣椒常见病害有病毒、黄萎病、疫病、炭疽病、灰霉病等，可根据病情选用瑞毒铜或杀毒矾、百菌清、波尔多液等药剂进行防治。常见虫害有蚜虫，烟青虫等，可选用抗蚜威或避蚜雾、敌敌畏乳油进行防治。