木腐病主要危害主干、主枝及大枝，以老树、弱树受害较多。病树木质部腐朽，淡褐色疏松，间杂有白色至灰白色菌丝层，质软而脆，手捏易碎，刮大风时容易从病部折断。后期，从伤口处产生病菌结构，该结构因病菌种类不同而有膏药状、马蹄状、贝壳状、复瓦状、圆头状和扇状等多种形状，灰白色至灰褐色病树树势衰弱，生长不良，结果量降低，发芽开花晚，落叶早，有时叶片变黄。严重时，导致树体逐渐枯死。
病树木质部腐朽，手捏易碎，刮大风时，容易从病部折断。后期从伤口处产生病菌子实体，子实体多为膏药状、马蹄状、扇状等，灰白色至灰褐色。
苹果树木腐病会导致树皮出现腐朽，从而脱落，并露出木质部，除此之外还会发生蔓延的情况，使树势削弱，严重会导致整株死亡。