一方面，可在保护地挂银灰色布条，可起到避蚜作用；选择通风良好，远离萝卜、黄瓜的地块种植菠菜；遇到春旱和秋旱，应多浇水，可减轻发病；施足有机肥，增施磷、钾肥，提高抗病力；清洁田园。在冬季和早春应将田间、地边及垄沟的杂草清除干净，并彻底清除病株，并将其带到田外深埋或烧毁。三是药剂防治。及时用药剂防治蚜虫，特别是在菠菜苗期。可在发病前或发病初期喷20％的病毒A可湿性粉剂500倍液，或5％的菌毒清水剂300倍液、抗毒剂1号300倍液，提高菠菜抗病能力。
菠菜生长的病虫害较多,主要有霜霉病、炭疽病、白斑病、枯萎病、潜叶蝇、蚜虫等。
菠菜的主要病害有白斑病，矮花叶病，枯萎病，叶斑病，霜霉病，病毒病等，可用百分之七十五的百菌清，甲基托布津等，虫害有蚜虫，潜叶蝇，银纹夜蛾等，可用吡虫啉加含菊酯类药防治。