1、轮作倒茬：与葱蒜类、禾本科作物实行3-5年轮作，避免连作。2、科学施肥：施用充分堆制或腐熟的有机肥，并采用配方施肥技术，提高菠菜抗病力。3、合理浇水：采用高畦或起垄栽培，雨后及时排水，严禁大水漫灌。4、药剂防治：发现病株及时拔除，病穴及四周浇、喷50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或40%多硫悬浮剂500倍液，或10%治萎灵水剂300-400倍液，隔半个月喷一次，连喷2-3次。
防治菠菜枯萎病，首先要选种抗病品种、做好种子消毒，其次要合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，第三要加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，第四要在初发病时用多菌、腐霉利、瑞毒霉、吡唑醚菌酯、百菌清、甲基托布津、腈菌唑等农药田间交替喷雾防治。
25%甲霜灵可湿粉800～1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂500倍液等针对性药剂进行防治，7～10天1次，共2～3次或更多；并配合喷施新高脂膜增强药效。