小麦齐穗见花期，选择渗透性、耐雨水冲刷性、持效性较好且对锈病、白粉病有兼治作用的药剂，如氰烯·戊唑醇、丙唑·戊唑醇、丙硫菌唑单剂、咪铜·氟环唑、丙硫·戊唑醇、唑醚·戊唑醇、唑醚·氟环唑、戊唑·百菌清、井冈·戊唑醇、戊唑·咪鲜胺、戊唑·噻霉酮、丙环·福美双、戊唑·福美双、甲硫·己唑醇等复配制剂；或选择氰烯菌酯、丙硫菌唑、吡唑醚菌酯单剂与戊唑醇等混用，对水喷雾预防。优先选用适用于统防统治作业的悬浮剂或悬乳剂等液态环保型药剂剂型。要准确抓住小麦齐穗至扬花期（见花打药）开展第一次预防，药量要足，突出预防和兼治作用。若花期多雨或多雾露，应于第一次用药后5天左右，再喷施防治一次。
小麦赤霉病是小麦非常严重的病害之一，可以使用多菌灵、烯唑醇、咪酰胺、克百菌等农药品种防治，也可以施加磷酸二氢钾溶液、腐殖微酸肥等元素药剂同时防治伴生病症。对于病害较为严重的地段，需要施加两次药剂。