主要发生在幼苗期或开花结果期，多为害根部或根茎处，茎基部及根部皮层呈水渍状腐烂，根茎维管束变褐，直至全株枯萎。潮湿时病茎表面生白色菌丝或蓝绿色的霉状物。后期病株侧根很少，容易拔起，根系呈水渍状软腐，皮层易剥落。病程进展缓慢，从发病至枯萎仅十多天。
辣椒枯萎病造成生长停滞果实变小逐渐死技死亡。
发生初期，由于病原菌在侵入辣椒根茎初期产生的镰刀菌毒素在植株蒸腾作用较大时影响了根茎对水分的吸收，致使辣椒在白天出现类似缺水性的萎蔫，但夜间可恢复。苗期该萎蔫现象持续出现2-3天后，辣椒下部叶片开始变黄或脱落，直至最终整株苗萎蔫死亡。
辣椒枯萎病为真菌性病害,又称萎蔫病。1、叶片症状:发病初期叶片中午萎蔫,早晚恢复,病叶向上发展,最后全株叶片发黄枯死。2、根茎症状:剖视茎部,可见维管束变褐,茎基部潮湿环境下可见霉层。3、果实症状:果皮发干,光泽度差,品质下降。
发病后植株岀现凋萎，横剖病茎，病部维管束变为褐色。湿度大时，茎基部表面出现白色、红色或蓝绿色的霉状物。
辣椒枯萎病多发生在幼苗期或开花结果期，主要是由辣椒镰孢霉引起，应快速加强防治。