防治菌核病应采用综合方法，在农业方面进行合理密植，并改善土壤，将土壤深翻消毒，可以撒施多菌灵等药剂。发病后及时用药，可以在植株茎基部、地面喷施克速灵或菌核净、托布津等药剂进行防治，隔10天喷一次，连续防治2至3次。
莴笋菌核病预防，要进行轮作，合理科学管理。
1、选用抗病、耐病品种红叶莴笋、特耐寒二白皮等。2、种子收获时防止菌核和病株残屑混入，收获后清除种子内混杂的菌核。播种前筛去菌核，汰除菌核后，用清水洗净后再播种。3、利用保护地的夏季休闲期，可在保护地内灌水后覆盖地膜，闭棚升温几日，利用高温杀死部分菌核。4、发病地块与水生蔬菜轮作1-2年，减少田间病原菌。5、及时拔除田间病株，收获后清除病残体，并带出田外深埋或烧毁，深翻土壤，加速病残体的腐烂分解，减少田间病原菌；防止病株混入肥料堆，随肥料再次带入田中。