丝瓜菌核病系真菌性病害。幼苗发病，在近地面幼茎基部出现水渍状病斑，很快绕茎一周，造成环腐，幼苗猝倒。果实染病病部长满白色棉絮状物，并很快变软腐烂。叶柄、茎部染病部位出现白色棉絮状物，髓部破裂，并带大米粒状的黑色菌核。该病菌喜温暖潮湿环境，通风透光差、氮肥施用过多的田块发病重。
主要为害茎蔓、叶片和果实。茎基部染病，初生水溃状斑，后扩展成淡褐色，造成茎基软腐或纵裂，病部表面生出白色棉絮状菌丝体。叶片染病，叶面上现灰色至灰褐色湿腐状大斑，病斑边缘与健康部分界不明显，湿度大时斑面上现絮状白霉，终致叶片腐烂。果实染病，初现水渍状斑，扩大后呈湿腐状，其表面密生白色棉絮状菌丝体，发病后期病部表面出现数量不等的黑色鼠粪状菌核。