在水稻谷枯病的防治中，应选用无病种子，并对种子进行消毒，生长中采用配方施肥技术，并在水稻抽穗期使用三环唑可湿性粉剂或三环唑喷雾防治，间隔7至10天用药一次。
应选用无病种子，并对种子进行消毒，生长中采用配方施肥技术。
对于发病重的地块，应该清除病株，然后用恶苗灵灌根，然后整床叶面喷施。
发现秧苗出现病症，不要盲目用药，要结合秧苗生长环境条件来防治。以健身防病为主，治疗为辅。通过改善苗床酸碱度、温湿度、补充速效养分（如苗床使用硫酸铵）、促进秧苗生根（喷施生根药剂）、施药控制立枯病病菌（如恶霉灵、甲霜灵、多菌灵等）等几个方面综合考虑，因时、因地、因苗进行防控。