水稻潜叶蝇的幼虫潜食叶肉，致稻叶变黄干枯或腐烂，严重时全株枯死。
水稻受害表现特征如下:①幼虫食去叶肉引起受害稻叶部分机体死亡;②由于稻叶受伤，水分从伤口侵入引起稻叶腐烂。潜叶蝇一般发生情况为1株稻苗有幼虫2.3头，发生多时1株水稻有几十头幼虫，1片叶子就有十几头幼虫，造成全株稻苗枯萎腐烂。
水稻潜叶蝇以幼虫侵入稻苗叶里取食叶肉为害，残留上、下表皮。幼虫初蛀入时，形成很细的线状食痕，随着食量的增加，食痕细长弯曲呈不规则状。被害部初期仅稍褪色，逐渐变白色呈线状，最终呈褐色。
造成不规则的白色斑块。叶组织被破坏后，水分渗入，腐生菌繁殖，引起叶片腐烂。严重时，叶片枯黄腐烂，甚至全株枯死。