水稻穗茎瘟发生在抽穗期至灌浆期，防治以预防为主，从破口开始每周用三环唑防治一次，知道灌浆结束，发病再防治就已经晚了。
(1)品种抗性。不同品种间的抗性有明显差异，当前生产上所用抗病品种多属垂直抗性品种，其抗性因生理小种组成只能保持一定时期抗性，一旦劣势小种变为优势小种，某些品种就会丧失抗病性，使病害发生。一般籼型品种的抗性优于粳型品种。(2)菌源数量。如带菌种子多，又未进行浸种消毒，尤其是病稻草、病秕谷未经销毁或处理不彻底等，越冬菌源多，发病就重。(3)气象条件。如分蘖期阴雨连绵，雨日和雨次多，形成高湿、低温、寡照(日照时数少)的环境，会降低水稻抗病性，从而有利于病害发生。抽穗期前后为连雨天气，降雨日多，降雨次数多，形成高湿、低温、寡照条件，不利于水稻生育；但对病菌孢子的产生、孢子萌发侵入有利，其中，高湿有利病菌孢子萌发与侵入；而低温寡照条件使穗颈瘟、节瘟、谷粒瘟发生较重。(4)稻田管理。