香蕉枯萎病的主要症状包括外部和内部表现。外部症状表现为成株期病株下部叶片及叶鞘呈现特异的黄色，初期在叶片边缘发生，逐渐向中肋扩展，与叶片深绿部分对比显著。感病叶片迅速凋萎，由黄变褐而干枯，最后一片顶叶往往迟抽出或不能抽出，最终病株枯死。个别病株虽不立即枯死，但果实发育不良，品质低劣。母株发病后，地上部枯死，地下部仍能长出新芽，但生长中后期显现症状。
内部症状表现为维管束病害，中柱髓部及周围有黄红色病变的维管束，成斑点状或线条状，越近茎基部病变颜色越深。根部木质导管变为红棕色，逐渐变成黑褐色而干枯。球茎变成黑褐色并逐渐腐烂，有特殊臭味。幼株感病后生长不良，无显著症状。营养生长后期发病的植株可以抽蕾，但果实发育不良，随后假茎枯萎致死，但其球茎仍可以抽生吸芽。