猪流感的症状，一般患者会伴有流鼻涕、鼻塞、喉咙痛、头痛、肌肉酸痛和全身不适，大多数体温持续在39度以上。部分患者还有可能出现恶心、腹痛、腹泻、稀水样的便等消化系统的症状。
个别病猪呼吸困难，喘气，咳嗽，呈腹式呼吸，有犬坐姿势，夜里可听到病猪哮喘声，个别病猪关节疼痛，尤其是膘情较好的猪发病较严重。猪流感潜伏期很短，几小时到数天，自然发病时平均为4天。发病初期病猪体温突然升高至40.3～41.5℃，厌食或食欲废绝，极度虚弱乃至虚脱，常卧地。呼吸急促、腹式呼吸、阵发性咳嗽。从眼和鼻流出粘液，鼻分泌物有时带血。病猪挤卧在一起，难以移动，触摸肌肉僵硬、疼痛，出现膈肌痉挛，呼吸顿挫，一般称这为打嗝儿。如有继发感染，则病势加重，发生纤维素性出血性肺炎或肠炎。母猪在怀孕期感染，产下的仔猪在产后2～5天发病很重，有些在哺乳期及断奶前后死亡。